上一篇文章中介绍了npt系综的设置方法,本文给出一个lammps模拟氢气压缩的案例,熟悉npt系综的设置方法。
模拟温度300k,压强100GPa,在该条件下,氢气应该为固态。
在MS中建立H2模型,共包含1000个H原子,导出H.car,使用msi2lmp软件转化为H.data文件。
H原子之间作用力使用LJ势描述,H-H键作用力使用harmonic势,具体参数在H.data文件中。
模拟源代码为:
#模拟参数设置
variable t equal 300
variable p equal 1000000
units metal
boundary p p p
atom_style full
neighbor 0.2 bin
timestep 0.0001
neigh_modify every 1 delay 0 check yes
#力场设置
pair_style lj/cut 6
bond_style harmonic
#读取data文件
read_data H.data
#热力学输出
thermo_style custom step time temp pe ke etotal density press pxx pyy pzz vol lx ly lz
thermo 100
#能量最小化
dump 1 all atom 100 mini.xyz
minimize 1e-10 1e-10 10000 10000
undump 1
reset_timestep 0
#温度初始化
velocity all create $t 4981299 dist gaussian
#npt系综下驰豫
dump 1 all atom 100 npt.xyz
fix 1 all npt temp 300 300 0.01 iso 0 0 0.1
run 30000
unfix 1
undump 1
reset_timestep 0
#npt系综下压缩
fix 1 all npt temp $t $t 0.01 iso $p $p 0.1
dump 1 all atom 100 H2.xyz
run 10000
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