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.NET 配置系统未能初始化”异常
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RAD Studio 安装之后出现“配置系统未能初始化“
我最近在我的 Win10 64位电脑上安装 RAD Studio 10 Seattle 成功后出现了莫名其妙的问题， 我百度了很久都没解决，直到发现一篇博客试了一试，解决了，我太开心了，觉得还是把这些坑都写清楚，方便大家避坑 原文…
莫名其妙的“配置系统未能初始化”异常
最近在讲课演示的时候，偶尔会发生如下的异常。“配置系统未能初始化”，当时也没有时间深究到底什么原因造成的。 今天再一琢磨，以上的InnerException提示说：无法识别的配置节userSettings。 再一深入找下去，我们找到下…
如何解决未能初始化战场服务器,microsoft net framework配置系统未能初始化
怎么解决这个问题？——一开机就跳出来！！！ 有关调用实时(JIT)调试而不是此对话框的详细信息， 请参见此消息的结尾。 ************** 异常文本 ************** System.Configuration.ConfigurationErrorsException: 配置系统未能初始化 ---> System.Configuration.Config…
Error：配置系统未能初始化
Error：配置系统未能初始化
调试自己软件的时候，VS弹出了个提示：应用程序错误：信息配置系统未能初始化 跟踪堆栈的时候，发现所有类序列化失败
最后在C盘AppData找到相关软件相关版本的user.config文件，删…
“配置系统未能初始化” 的异常一种产生原因
今天VS2017造成电脑死机，重启电脑后打开VS进行调试发现程序启动失败，原因是读取Settings配置信息时产生“配置系统未能初始化”异常，但是App.config文件并未修改，所以网上的一些解决办法在这里并不适用了，由于C#的配置…
计算生物化学中计算RMSD的方法
vmd 中计算RMSD的方法:(http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorial-html/node7.html） amber中计算RMSD的方法:（http://ambermd.org/tutorials/analysis/tutorial1/)
gnuplot软件学习笔记
gnuplot，一个命令行交互式的绘图工具
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gnuplot本身自带的官方使用教程，输入help交互式打开
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可以找马欢老师的gnuplot中文教程：http://ouc.ai/zhenghaiyong/courses/tutorials/gnuplot/gnuplot-zh.pdf
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Nature | 基于深度神经网络和改进的片段测序方法从头预测蛋白质结构
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回归分析中的评价方法
回归（Regression）不同于分类问题，在回归方法中我们预测一系列连续的值，在预测完后有个问题是如何评价预测的结果好坏，关于这个问题目前学术界也没有统一的标准。下面是我在论文中的看到的一些常用方法，希望…
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【学习笔记】山东大学生物信息学-04 蛋白质结构预测与分析
课程地址：山东大学生物信息学 文章目录 四、蛋白质结构预测与分析4.1 蛋白质的二级结构4.2 蛋白质的三级结构4.3 三级结构可视化软件 VMD4.4 计算方法预测三级结构4.5 三级结构的比对4.6 蛋白质分子表面性质4.7 获取蛋白质四级结构4.8 蛋白质-蛋白质分子对接4.9 蛋白…
Docking非原生配体
转载于 https://mp.weixin.qq.com/s/VDN1qAZGIMol6prwQW4umw Docking非原生配体 在前面的例子中，AutoDock Vina能把配体构象调整到几乎原生的构象，验证了这一预测方法的准确度。下面，我们尝试docking另外一个配体药物nelfinavir奈非那韦&…
AutoDockFR：具有明确指定结合位点灵活性的蛋白质-配体对接研究进展
微信公众号参考链接:链接 引用原文：Ravindranath, Pradeep Anand et al. “AutoDockFR: Advances in Protein-Ligand Docking with Explicitly Specified Binding Site Flexibility.” PLoS computational biology vol. 11,12 e1004586. 2 Dec. 2015, doi:10.1371/j…
CADD之分子对接二：简单autodockvina对接流程——redocking
1、需要软件：autodocktools，vina，pymol
pymol使用教程(包含安装)：基础教程 — PyMOL中文教程 2022.09 文档
autodocktools及vina安装包：
「autodocktools」https://www.aliyundrive.com/s/88pQFmFBNKK 点击链接保存…
对分子模拟轨迹数据的分析绘图
简介
建立模型进行分子动力学模拟后，对得到的轨迹进行主成分分析（PCA），绘制相关性矩阵（Correlation Matrix）和自由能井图（Free Energy Landscape）和dssp图（Definition …
【学习笔记】ICLR2022-GNNRefine
一、代码Run
1. 运行
python /home/huangjiehui/Project/AIProtein/StructuralReconstruction/RefineGNN/ab_train.py --cdr_type 3 --train_path /home/huangjiehui/Project/AIProtein/StructuralReconstruction/RefineGNN/data/sabdab/hcdr3_cluster/train_data.jsonl --va…
利用pymol批量对PDB文件三维结构比对并输出RMSD值
经验上、文献上大量的蛋白质或者核酸比对工作是从一级序列开始的，这是基于一级序列决定二级结构，二级结构决定三级结构，而且一级序列有30%的相似性，那么两者的结构就具有较高的相似性这样的共识理论而来，这些理论也是基…
AMBER:使用Cpptraj计算RMSD 以及使用中遇到的问题
记录笨比生活又一天 输入文件rms.in设置运行cpptraj遇到的问题1.cpptraj不输出结果2.空格的问题 Tofirst:[空格]1-249&!H firstTofirst[空格]:1-249&!H first 输入文件rms.in设置
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trajin XXXX_prod.nc #载入轨迹文件
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分子动力学模拟Amber/Gromacs结合自由能计算 药效团模型构建RMSD、RMSF
文章来源：公众号“科研讨论圈” 以下是使用AMBER、GROMAVCS的教程，希望对开始学习分子动力学的同学有帮助。 分子动力学入门理/论 分子力学简介 分子…