AMBER:使用Cpptraj计算RMSD 以及使用中遇到的问题

article/2025/7/18 11:35:17

记录笨比生活又一天

      • 输入文件rms.in设置
      • 运行cpptraj
      • 遇到的问题
        • 1.cpptraj不输出结果
        • 2.空格的问题
    • Tofirst:[空格]1-249&!@H= first
    • Tofirst[空格]:1-249&!@H= first

输入文件rms.in设置

parm XXXXX.prmtop   #载入拓扑文件
trajin XXXX_prod.nc #载入轨迹文件 
rms ToFirst :1-13&!@H= first out rmsd2.agr
run

在这里插入图片描述

运行cpptraj

cpptraj -i rms.in

遇到的问题

1.cpptraj不输出结果

rms.in文件中应该加入run命令
这个还好 一下就看出了来

2.空格的问题

反复报这个错,人都疯了
在这里插入图片描述
最后!发现竟然是我一个空格写错了!!!

写成了

Tofirst:[空格]1-249&!@H= first

而实际上应该是

Tofirst[空格]:1-249&!@H= first

ps:自己何时才能改掉粗心大意的毛病


http://chatgpt.dhexx.cn/article/dCl197dy.shtml

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