文章目录
- 1. 直接在终端使用
- 准备工作
- 开始运行
- 2. 通过调用python文件使用
1. 直接在终端使用
重点：Freesurfer安装完成后，需要在相同的用户名下运行，并且所有文件数据也要放在此用户下
放在其他地方可能会因为没有权限而运行失败
官网流程说明：（原文网址）
准备工作
- 打开终端，进入安装了freesurfer的账户中
su username - 进入数据目录下
cd /home/username/sub07
开始运行
在终端中输入以下代码
- freesurfer安装的位置
export FREESURFER_HOME=/home/zhuqianyun/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
- freesurfer保存subject的位置
export SUBJECTS_DIR=/home/zhuqianyun/sub07
- freesurfer运行的代码是：recon-all -i my_NIFTI -s my_subject -sd path -all
加粗斜体分别表示
my_NIFTI 需要执行的nii文件，或是别的格式（DICOM）
my_subject保存的文件夹名
path保存的路径名
现在开始在终端输入
recon-all -i /home/zhuqianyun/MNE_subjects/sub07/s0001185756-0005-00001-000384-01.nii -s freesurfer -sd /home/zhuqianyun/MNE_subjects/sub07 -all
如果遇到没权限的时候可以使用命令 sudo chmod 777 ~/dir -R
没有报错的话就是开始运行了，过程可能需要几个小时
2. 通过调用python文件使用
第二种方法是写成py文件，就不用每次都在终端输入大串代码了，会更加方便
注意：不要在代码中写中文注释，可能会出错
import ospath = r'/home/zhuqianyun/sub07/'fshome = 'export FREESURFER_HOME=/home/zhuqianyun/freesurfer'
source = 'source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh'
save = 'export SUBJECTS_DIR=/home/zhuqianyun/sub07'my_NIFTI = path + 's0001185756-0005-00001-000384-01.nii'
my_subject = 'freesurfer'cmd = fshome + source + save \+ 'recon-all -i' + my_NIFTI + '-s' + my_subject + '-sd' + path + '-all'os.system(cmd)
最后在安装了freesurfer用户名下的终端运行 python freesurfer_mri.py
