在Linux的默认的版本中不是所有的命令都有，但是基本的命令是都有的，但是有一下不常用的命令是没有，在没有什么情况，那么就需要通过的自己来进行安装所需要的命令，可以通过的是yum来安装所需的命令。
1、在进行使用Linux来尝试进行解压的一个tar的文件，那么就需要找到为tar的压缩包的文件。
2、然后命令中输入为：tar 文件名.tar，然后直接回车即可，提示没有tar的命令。
3、没有这个tar的命令是可以通过yum的方法来机型安装，直接输入yum -y install tar
4、解压tar的文件需要有一些命令的，所以可以通过帮助的方法来解压文件，获取tar的帮助，直接输入tar --help即可。
5、然后到需要的解压的所在的目录下，进行输入该命令即可，tar -xf test.tar
6、可以看到的是文件被解压成功了，可以使用该文件来进行操作了。
Linux系统中tar压缩包怎么解压?_LINUX_操作系统_脚本之家 (jb51.net)
Linux下批量解压 csv.gz
gunzip *.gz，按回车
Linux下记数Linux 计数命令 WC
(971条消息) Linux 计数命令 WC_HelloWorld搬运工的博客-CSDN博客_linux统计条数wc
新冠感染死亡患者的肺部单细胞图谱Python全流程
1 数据读取 scanpy读取csv文件 批量读取csv文件 单纯的表达矩阵
# 导入包，注意dir路径改成自己的
import scanpy as sc
dir = '/path/data/GSE171524/GSE171524_RAW/'
# 读取数据
adata = sc.read_csv(dir + 'GSM5226574_C51ctr_raw_counts.csv').T
adata
我这么操作就会失败 因为少了一个斜杠！！！
除非 adata = sc.read_csv( 'GSM5226574_C51ctr_raw_counts.csv')
1,1 adata数据结构
1.2 Linux中pip 太慢Linux pip安装速度慢（超时报错），为pip换源
如何彻底解决pip install慢的问题 | 《Linux就该这么学》 (linuxprobe.com)
win+R 输入 cmd 再输入 pip install requests
@youngleel 这是因为你的网络跟国外的网络连接不稳定，你先输入pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 直接复制进去回车 别写错了
pip install PySimpleGUI -i https://pypi.douban.com/simple/ 这个pip install 速度很快
liunx系统
vim ~/.pip/pip.conf[global] index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
window系统
在user目录中创建一个pip目录，如：C:\Users\pip，新建文件pip.ini，添加一下内容
[global] index-url = https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
1.3 安装scvi DeprecationWarning: scvi is deprecated, please uninstall scvi via `pip uninstall scvi` and install the new scvi-tools package at github.com/YosefLab/scvi-tools
scverse/scvi-tools: Deep probabilistic analysis of single-cell omics data (github.com)
module 'scvi' has no attribute 'model
pip install scvi-tools -i https://pypi.douban.com/simple/1.4 you may need to restart the kernel to use updated packages 把python关掉 重新进入就ok了
(975条消息) you may need to restart the kernel to use updated packages如何解决-编程语言-CSDN问答
2 doubletfinder 双细胞过滤 Doublet过滤
# pip install scvi-tools
import scvi# 过滤低表达基因以及高变基因选择
sc.pp.filter_genes(adata, min_cells = 10)
sc.pp.highly_variable_genes(adata, n_top_genes = 2000, subset = True, flavor = 'seurat_v3')# 训练模型
scvi.model.SCVI.setup_anndata(adata)
vae = scvi.model.SCVI(adata)
vae.train()
python中的list有多少个不同的元素 列表中相同元素的数量 python中的list有多少个相同的元素 (975条消息) 17_NumPy数组ndarray中计算满足条件的元素的个数_饺子大人的博客-CSDN博客_numpy计算元素个数
- print ( len (set1)) #len (set1)即为列表中不同元素的数量
- lst ------set(lst) lst.count("True")
-
for i in set(a):
… print(‘数据{0}在list中的个数为：{1}’.format(i,a.count(i)))
…
数据1在list中的个数为：11
数据2在list中的个数为：6
数据3在list中的个数为：9“`
(975条消息) Python学习笔记之从list中统计相同数字的个数_kabuto_hui的博客-CSDN博客
