在运行到404行时，使用sintax_summary命令时，报告command not found,但可以在script中找到该命令文件，不知道咋弄了，求助
相关文章
微生物组-扩增子16S分析和可视化(2023.2)
课程改为长直播模式，报名后就可以学习，时间更充裕，练习更充分 具体见：易生信培训改为长周期模式 福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基…
天昊16S扩增子绝对定量测序项目文章登陆《Bioresource Technology》
昊文章 微生物 16S扩增子绝对定量测序 【影响因子：7.539】 北京工业大学城市建设学部杨艳玲研究员课题组的研究成果近期发表在SCI一区期刊《Bioresource Technology》上，研究成果发现中试规模的两级潮汐人工湿地中多孔基质和功能菌属的协同作用低温下高效…
VSEARCH：最简单易学的扩增子分析流程
前言 前面宏基因组公众号号推送过关于USEARCH的介绍及使用，详情见文章：扩增子分析神器USEARCH简介。USEARCH软件在扩增子测序分析上堪称神器！该软件依靠大神Robert Edgar开发的UPARSE,UNOISE等算法，在序列搜索、聚类、去重、去嵌合…
MPB：北林袁峥嵘组-16S扩增子分析中常用软件及数据库应用现状
为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量，本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后，采用公众号推送方式分享全文，任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题，建议电脑端点击文末阅读原文下载PDF审稿。在线文档(…
青岛大学苏晓泉组-微生物组16S扩增子功能校正算法Meta-Apo
Meta-Apo：微生物组16S扩增子测序的功能校正算法 Meta-Apo improves accuracy of 16S-amplicon-based prediction of microbiome function BMC Genomics [3.594] 原文链接：https://doi.org/10.1186/s12864-020-07307-1 第一作者：Gongchao Jin…
NCBI数据上传（一）：扩增子测序数据
本篇文章把上传数据（扩增子测序）的步骤尽可能详细的整理出来，希望能对各位科研工作者有所帮助。其它类型数据上传讲解将依次在后续推文中奉上，大家持续关注哦！
1.注册及登录账号
1）注册一个NCBIÿ…
PICRUSt2分析实战：16S扩增子OTU或ASV预测宏基因组、新增KEGG层级
PICRUSt2分析实战：16S扩增子OTU或ASV预测宏基因组、新增KEGG层级 更新时间：2021年7月8日 PICRUSt推出了近8年，引用5000余次。 现推出PICRUSt2，202年再次霸气发表于顶级期刊Nature Biotechnology，原文解读详见ÿ…
全长扩增子：是时候展示真正的技术了
提起微生物多样性测序，大家第一反应可能就是PE250或PE300二代测序，但是这只能针对细菌16S rDNA和真菌ITS或18S的某一段可变区（如16S V3V4，16S V4V5，16SV4，ITS1，ITS2,18S V4等）进行测…
一文读懂微生物扩增子16s测序
微生物多样性测序结果如何看？ 做过16s测序的小伙伴们都知道 测完之后会拿到一份结果报告 但这并不代表可以开始写文章了 看似一大堆数据图表却不知如何下手 这是很多人头疼的地方 那么怎样给报告中的数据赋予灵魂 让它真正成为对你有帮助的分析呢？ 一文扫…
微生物组-扩增子16S分析和可视化(2022.7本周开课)
福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课 。期待和大家的线上线下会晤。 目前可以通报…
MPB：遗传发育所刘永鑫等-易扩增子：易用、可重复和跨平台的扩增子分析流程...
为进一步提高《微生物组实验手册》稿件质量，本项目新增大众评审环节。文章在通过同行评审后，采用公众号推送方式分享全文，任何人均可在线提交修改意见。公众号格式显示略有问题，建议电脑端点击文末阅读原文下载PDF审稿。在线文档(…
16S扩增子分析专题课01背景介绍
整理一下我近期报告的PPT、文稿和视频，分享给大家，希望对同行有所帮助。 本节课程视频共分3部分。 https://v.qq.com/x/page/t3015tp7d5u.html Part 1. 21扩增子分析背景介绍p1-23，23min https://v.qq.com/x/page/j3015gkf92g.html Part 2. 2…
微生物组-扩增子16S分析和可视化(2022.7)
福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下课 。期待和大家的线上线下会晤。 目前可以通报…
iMeta观点 | 短读长扩增子测序是否适用于微生物组功能的预测？
点击蓝字 关注我们 短读长扩增子测序是否适用于微生物组功能的预测？ https://doi.org/10.1002/imt2.38 PERSPECTIVE ●2022年7月4日，巴西圣保罗医院肿瘤分子诊断中心Vitor Heidrich教授和德国朱利叶斯库恩研究所Lukas Beule教授在iMeta在线发表了题为“A…
微生物组-扩增子16S分析和可视化(2022.10)
课程改为长直播模式，报名后就可以学习，时间更充裕，练习更充分 具体见：易生信培训改为长周期模式 福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基…
iMeta | 易扩增子(EasyAmplicon)：易用、可重复的微生物组扩增子分析流程
点击蓝字 关注我们 易扩增子(EasyAmplicon)：微生物组研究中易用的扩增子分析流程 iMeta主页：http://www.imeta.science 研究论文 ● 原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.83 ● 2023年1月27日，中国农科院基因组所刘永鑫团队、中国中医…
扩增子qiime2分析流程
写在前面：写这篇博客只是为了总结自己对扩增子分析流程的理解，加深对扩增子的映像。
扩增子分析前的准备：
软件
qiime2（2023.5）qiime2官方下载地址 ###配置文件下载：
wget https://data.qiime2.org/dis…
