Bowtie2是一种用于将序列读段与长参考序列进行比对的超快且内存高效的工具。它特别擅长对齐大约50到100或1000个字符的读段，并且特别擅长对齐相对较长的（如哺乳动物）基因组。Bowtie2用FM索引对基因组进行索引，以保持其占用的内存空间较小：对于人类基因组，其占用的内存通常在3.2 GB左右。Bowtie2支持有间隙、局部和成对末端对齐模式。
官网：https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
下面介绍如何在Linux服务器上安装Bowtie2。
1. 下载Bowtie2
进入下载链接：https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.5.1/
选择对应的版本，并复制链接。然后在想要安装的目录下输入下面代码，解压，并进入对应文件夹
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.5.1/bowtie2-2.5.1-linux-x86_64.zip
unzip bowtie2-2.5.1-linux-x86_64.zip
cd bowtie2-2.5.1-linux-x86_64
2. 配置路径
解压完实际就已安装成功，输入./bowtie2，如果出现如下结果，就表明安装成功。
接下来就是为bowtie2配置路径。首先进入根目录，打开.bashrc文件，
cd ~
vi .bashrc并增加如下语句:
alias bowtie2='~/Jia-softwares/bowtie2/bowtie2-2.5.1-linux-x86_64/bowtie2'
# 其中，/Jia-softwares/bowtie2/ 应替换为自己的安装路径
保存，退出。然后输入source .bashrc，用来更新.bashrc文件，即可在任何位置使用bowtie2命令
此外，应该也可以使用conda来安装，这里不再进行测试。
作者：贾思特
日期：2023-4-28
