apk的签名工作可以通过两种方式来完成：
1）通过ADT提供的图形化界面完成apk签名；
2）完全通过DOS命令来完成apk签名
1）准备工作
我比较喜欢第2）种方式，所以下面将讲解如何通过命令的方式完成apk签名。
给apk签名一共要用到3个工具，或者说3个命令，分别是：keytool、jarsigner和zipalign，下面是对这3个工具的简单介绍：
1）keytool：生成数字证书，即密钥，也就是上面说到的扩展名为.keystore的那类文件；
2）jarsigner：使用数字证书给apk文件签名；
3）zipalign：对签名后的apk进行优化，提高与Android系统交互的效率(Android SDK1.6版本开始包含此工具)
从这3个工具的作用也可以看出，这3个工具的使用顺序。通常我们自己所开发的所有应用程序，都是使用同样的签名，即使用同一个数字证书，这就意味着：如果你是第一次做Android应用程序签名，上面的3个工具都将用到；但如果你已经有数字证书了，以后再给其它apk签名时，只需要用到jarsigner和zipalign就可以完成。
为了方便使用上面3个命令，首先需要将上面3个工具所在路径添加到环境变量path中（我说的是为了方便使用，没有说必须要这么做）。怎么配置环境变量就不在此讲解了，这里需要说一下这3个工具默认所在的路径：
1）keytool：该工具位于jdk安装路径的bin目录下；
2）jarsigner：该工具位于jdk安装路径的bin目录下；
3）zipalign：该工具位于android-sdk-windows/tools/目录下
不知道大家是否注意到keytool和jarsigner两个工具是jdk自带的，也就意味着生成数字证书和文件签名不是Android的专利；另外从字面上理解jarsigner也能猜得出该工具主要是用来给jar文件签名的。
2）生成未经签名的apk文件
既然我们要自己对apk进行签名，就不再需要ADT默认帮我们签名了。如何得到一个未经签名的apk文件呢？打开Eclipse，在Android工程名称上点击右键，依次选择“Android Tools” - “Export Unsigned Application Package ...”，然后选择一个存储位置保存即可。这样就得到了一个未经签名的apk文件。
3）使用keytool工具生成数字证书
keytool -genkey -v -keystore candice.keystore -alias candice.keystore -keyalg RSA -validity 20000
说明：
1）keytool是工具名称，-genkey意味着执行的是生成数字证书操作，-v表示将生成证书的详细信息打印出来，显示在dos窗口中；
2）-keystore candice.keystore 表示生成的数字证书的文件名为“candice.keystore”；
3）-alias candice.keystore 表示证书的别名为“candice.keystore”，当然可以不和上面的文件名一样；
4）-keyalg RSA 表示生成密钥文件所采用的算法为RSA；
5）-validity 20000 表示该数字证书的有效期为20000天，意味着20000天之后该证书将失效
在执行上面的命令生成数字证书文件时，会提示你输入一些信息，包括证书的密码，示例如下：
- 注意记录秘要库密码和密钥口令
- 这里生成的密钥文件在当前目录
4）使用jarsigner工具为Android应用程序签名------使用手机百度apk测试
jarsigner -verbose -keystore candice.keystore -signedjar shoujibaidu_signed.apk shoujibaidu.apk candice.keystore
说明：
1）jarsigner是工具名称，-verbose表示将签名过程中的详细信息打印出来，显示在dos窗口中；
2）-keystore candice.keystore 表示签名所使用的数字证书所在位置，这里没有写路径，表示在当前目录下；
3）-signedjar shoujibaidu_signed.apk shoujibaidu.apk 表示给shoujibaidu.apk文件签名，签名后的文件名称为shoujibaidu_signed.apk；
4）最后面的candice.keystore 表示证书的别名，对应于生成数字证书时-alias参数后面的名称
JDK版本不同，可能需要的参数不同，可以查看jarsigner 命令帮助
5）使用zipalign工具优化已签名的apk（非必须但建议这么做）
zipalign -v 4 shoujibaidu_signed.apk shoujibaidu_signed_aligned.apk
说明：
1）zipalign是工具名称，-v表示在DOS窗口打印出详细的优化信息；
2）shoujibaidu_signed.apk shoujibaidu_signed_aligned.apk 表示对已签名文件shoujibaidu_signed.apk进行优化，优化后的文件名为shoujibaidu_signed_aligned.apk
说明：如果你以前的程序是采用默认签名的方式（即debug签名），一旦换了新的签名应用将不能覆盖安装，必须将原先的程序卸载掉，才能安装上。因为程序覆盖安装主要检查两点：
1）两个程序的入口Activity是否相同。两个程序如果包名不一样，即使其它所有代码完全一样，也不会被视为同一个程序的不同版本；
2）两个程序所采用的签名是否相同。如果两个程序所采用的签名不同，即使包名相同，也不会被视为同一个程序的不同版本，不能覆盖安装。
另外，可能有人可能会认为反正debug签名的应用程序也能安装使用，那也没有必要自己签名了嘛。千万不要这样想，debug签名的应用程序有这样两个限制，或者说风险：
1）debug签名的应用程序不能在Android Market上架销售，它会强制你使用自己的签名；
2）debug.keystore在不同的机器上所生成的可能都不一样，就意味着如果你换了机器进行apk版本升级，那么将会出现上面那种程序不能覆盖安装的问题。不要小视这个问题，如果你开发的程序只有你自己使用，当然无所谓，卸载再安装就可以了。但要是你的软件有很多使用客户，这就是大问题了，就相当于软件不具备升级功能！
*什么是应用签名？ *
详细介绍：http://www.cnblogs.com/keke-xiaoxiami/articles/4299619.html
