冗余分析（Redundancy analysis，RDA）是一种回归分析结合主成分分析的排序方法，也是多响应变量（multi-response）回归分析的拓展。在群落分析中常使用RDA，将物种多度的变化分解为与环境变量相关的变差（variation；或称方差，variance，因为RDA中变差=方差；由约束/典范轴承载），用以探索群落物种组成受环境变量约束的关系。

RDA的基本概念及其在群落分析中的应用，可参考前文。

本篇以某16S扩增子测序所得细菌群落数据，简介R包vegan的冗余分析（RDA）过程。

示例文件、R脚本等的百度盘链接：

https://pan.baidu.com/s/18xTqAZPa2Al2sDQpS1ysFA

某研究对三种环境中的土壤进行了采样&#x