1、HDF5介绍

HDF 是用于存储和分发科学数据的一种自我描述、多对象文件格式。HDF 是由美国国家超级计算应用中心（NCSA）创建的，以满足不同群体的科学家在不同工程项目领域之需要。HDF 可以表示出科学数据存储和分布的许多必要条件。HDF 被设计为：

• 自述性：对于一个HDF 文件里的每一个数据对象，有关于该数据的综合信息（元数据）。在没有任何外部信息的情况下，HDF 允许应用程序解释HDF文件的结构和内容。
• 通用性：许多数据类型都可以被嵌入在一个HDF文件里。例如，通过使用合适的HDF 数据结构，符号、数字和图形数据可以同时存储在一个HDF 文件里。
• 灵活性：HDF允许用户把相关的数据对象组合在一起，放到一个分层结构中，向数据对象添加描述和标签。它还允许用户把科学数据放到多个HDF 文件里。
• 扩展性：HDF极易容纳将来新增加的数据模式，容易与其他标准格式兼容。
• 跨平台性：HDF 是一个与平台无关的文件格式。HDF 文件无需任何转换就可以在不同平台上使用。

（官方介绍：https://support.hdfgroup.org/HDF5/whatishdf5.html）

2、HDF5的文件组织

一个HDF5文件就是一个由两种基本数据对象（groups and datasets）存放多种科学数据的容器：

• HDF5 group: 包含0个或多个HDF5对象以及支持元数据（metadata）的一个群组结构

  

  
  

• HDF5 dataset: 数据元素的一个多维数组以及支持元数据（metadata）

3、HDF5软件下载

https://support.hdfgroup.org/HDF5/release/obtain518.html

4、目录结构

下载后解压

• bin目录是已经编译的好的可执行文件。例如：bin目录下的h5dump可以查看h5文件。
• include目录是编写代码是需要包含的头文件。
• lib目录是编译代码时需要连接的库。
• share目录中是example。

5、 example code

#include<stdio.h>
#include<stdlib.h>
#include <iostream>
#include <string>#include "H5Cpp.h" //包含HDF5需要的头文件#ifndef H5_NO_NAMESPACE
using namespace H5;
#ifndef H5_NO_STD
using std::cout;
using std::endl;
#endif  // H5_NO_STD
#endifconst H5std_string FILE_NAME("h5_test.h5");//定义要创建的文件名字
const int RANK = 2; //定义数组的维度
const int M = 3;
const int N = 4;int main(void)
{const H5std_string GROUP_NAME("MyGroup");//定义要创建group的名字const H5std_string DATASET_NAME("MyData");//定义要创建dataset的名字const H5std_string  ATTR_NAME( "MyAttribute" );//定义要创建数据集属性的名字 //准备要存储的数据float *data = (float*)malloc(M*N*sizeof(float));float *tmp=NULL;for(int i =0; i<M; ++i){for(int j =0; j<N; ++j){tmp = data + i*N +j;*tmp = 1.3;}}try{// Turn off the auto-printing when failure occurs so that we can// handle the errors appropriatelyException::dontPrint();//创建文件H5File file(FILE_NAME, H5F_ACC_TRUNC);//创建 groupGroup group(file.createGroup(GROUP_NAME));//创建数据空间hsize_t dims[RANK];               // dataset dimensionsdims[0] = M;dims[1] = N;DataSpace *dataspace = new DataSpace (RANK, dims);//创建数据集DataSet *dataset = new DataSet (group.createDataSet(DATASET_NAME, PredType::NATIVE_FLOAT, *dataspace));//将准备好的数据，写到数据集中。dataset->write(data, PredType::NATIVE_FLOAT);// 创建数据集属性空间.int attr_data[2] = { 100, 200};hsize_t attr_dims[1] = { 2 };DataSpace attr_dataspace = DataSpace (1,attr_dims );// 创建数据集的属性.Attribute attribute = dataset->createAttribute( ATTR_NAME, PredType::STD_I32BE, attr_dataspace);// 写属性.attribute.write( PredType::NATIVE_INT, attr_data);// 关闭数据空间、数据集、group对象.delete dataspace;delete dataset;group.close();}// catch failure caused by the H5File operationscatch(FileIException error){error.printError();return -1;}// catch failure caused by the DataSpace operationscatch(DataSpaceIException error){error.printError();return -1;}// catch failure caused by the Group operationscatch(GroupIException error){error.printError();return -1;}// catch failure caused by the DataSet operationscatch(DataSetIException error){error.printError();return -1;}return 0;
}

6、编译

g++ example.cpp -o example -I./include -L./lib -lhdf5_cpp

7、执行

./example

生成一个 h5_test.h5文件

8、查看

可是使用bin目录的h5dump 查看 命令

./bin/h5dump h5_test.h5

9、显示结果

(完)