Bowtie的中文意思是：领结，蝴蝶结

Bowtie2用户手册：

http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml

在看比对结果前需要了解三个概念：

1.Aligned concordantly 合理比对

主要和比对参数：–fr/–rf/–ff 有关，默认是：–fr
在参数–fr下：前两种比对就是合理比对，也即：concordantly，后两种比对会成为不合理比对，也即：aligned discordantly，如果两个reads距离太远也会成为不合理比对。

2.Multiple alignments 多重比对

定义：一对reads/一个pair比对上genome的多个位置，也即：aligned >1 times 或是 aligned concordantly >1 times，这对reads/这个pair就会成为多重比对。相对应的就是 unique比对，也即：aligned exactly 1 time 或是：aligned concordantly exactly 1 time。

这里 bowtie2的默认参数是：
Default mode: search for multiple alignments, report the best one, 也即是：多重比对，只取最好的那个alignment。

3.Bowtie2在双端比对下：

如果一对reads/一个pair没有比对上任何地方，也即 aligned concordantly 0 times，那么就将这个pair拆分成两个single-end reads来进行比对。

双端比对：

For datasets consisting of pairs, the summary might look like this:10000 reads; of these:10000 (100.00%) were paired; of these:650 (6.50%) aligned concordantly 0 times8823 (88.23%) aligned concordantly exactly 1 time527 (5.27%) aligned concordantly >1 times----650 pairs aligned concordantly 0 times; of these:34 (5.23%) aligned discordantly 1 time----616 pairs aligned 0 times concordantly or discordantly; of these:1232 mates make up the pairs; of these:660 (53.57%) aligned 0 times571 (46.35%) aligned exactly 1 time1 (0.08%) aligned >1 times96.70% overall alignment rate

翻译下即：

检测到10000个pairs,也即20000条reads;其中，10000个pairs都是paired也即双端数据；其中，650个pairs没有合理比对上；8823个pairs只合理比对上一次；527个pairs合理比对多于一次；在650个pairs没有合理比对上的pairs中：34个pairs可以不合理比对上一次；剩下的616个pairs，也即1232条reads中：660条reads没有比对上；571条reads可以比对上一次；1条read比对多于1次

总共的比对率是：(88232+5272+34*2+571+1)/20000=96.7%