蛋白相互作用数据库,STRING使用指南

article/2025/7/30 20:38:01

对于基因组数据分析而言的话,我们能用到网络分析的就是蛋白相互作用分析(protein-protein ineraction, PPI)分析了。

 

蛋白相互作用分析的数据库有很多,至于为什么选择STRING,还是在于其强大的可视化,以及自定义功能。这样我们可以得到数据结果的同时,还可以得到相对好看的图。下面我们就来介绍一下STRING 数据库如何使用吧~

 

 

基本检索

 

 

我们在打开数据库之后,在菜单栏可以看到很多种来进行相互作用关系预测的选项。如果我们有一个目标蛋白,想要查看这个蛋白的可能的相互作用蛋白可以选择Protein by name;如果我们有很多蛋白,想要查看这些蛋白之间的相互作用关系,那就可以选择Multiple proteins

 

 

下载.jpeg

 

 

由于我们在之前的差异表达分析的时候,可以得到很多基因,所以我们这里选择Multiple proteins来进行下一步分析。这里我们需要的输入的就是基因名即可,基因名与基因名之间通过通过换行来间隔。另外需要做的就是选择目标物种,由于我们做的是人的分析,所以选择人即可。

 

 

文章剩余内容《《《《


http://chatgpt.dhexx.cn/article/Wrcrnvfc.shtml

相关文章

五大常见的数据类型之 String

前言 我们都知道 Redis 提供了丰富的数据类型,常见的有五种:String(字符串),Hash(哈希),List(列表),Set(集合)、Zset&…

数据库String字符串

char(n) varchar(n) tinyint tinytext text mediumtext longtextchar(0-255)varchar(0-21844) // 63533定长字符串 char()变长字符串 varchar(n) tinytext text mediumtext longtext(4GBtext)-- char varchar tinytext text mediumtext longtext -- 23767-1 21845-1 16383-1…

STRING:蛋白质相互作用(PPI网络)数据库简介

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 研究蛋白之间的相互作用网络,有助于挖掘核心的调控基因,目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库,而string绝对是其中覆盖的物种最多,相互作用信息做大的一个,网址如下 https://…

string数据库使用和实践第一部分string数据库介绍

背景 为什么要寻找蛋白质互做关系? 因为只有正确地发现和注释细胞中的所有功能性的相互作用关系,才能对细胞的功能进行系统层面的学习和理解。 大家在收集和展现蛋白质相互作用的信息上,一直在努力地跟上相互作用关系探索的步伐 近年来&#…

解决虚拟机桥接模式无法上网的问题

1.检查IP地址以及网关等信息是否正确 vim /etc/network/interfaces这里设置的是静态ip, auto lo iface lo inet loopback auto eth0 iface eth0 inet stastic address 192.168.43.40 # 设置IP netmask 255.255.255.0 # 设置子网掩码 gateway 192.168.43.19 # 设置网关 首先…

VM虚拟机桥接模式无法联网解决办法

1.桥接模式的意义: 桥接模式----使虚拟机客户机可以和主机在同一网段,这样,和主机同局域网内的其他主机就也可以ping到虚拟机了 2.问题描述: 1.主机和虚拟机客户机相互之间ping不通 2.将虚拟机改为网络模式为NAT模式自动获取I…

虚拟机配置桥接模式(bridge)

使用的Vmware虚拟机软件 需要使用bridge,桥接模式 首先,需要给主机电脑设置IP, 看主机使用的是有线还是无线,使用哪个就设置那个,可以先通过ipconfig/all来查看ip,然后根据实际信息配置网络适配器 手动配置…

虚拟机桥接模式下的网络设置

虚拟机共有三种网络模式,每种网络模式具体的原理参考: Vmware虚拟机三种网络模式详解 - 星朝 - 博客园原文来自http://note.youdao.com/share/web/file.html?id236896997b6ffbaa8e0d92eacd13abbf&typenote 我怕链https://www.cnblogs.com/jpfss/p/…

Virtualbox虚拟机桥接模式配置

VirtualBox提供了多种网络连接方式,不同的网络连接方式决定了虚拟机是否可以联网,以及是否可以和宿主机互相ping通 亲测之后总结一些在配置NAT模式和仅主机模式所踩的坑,最后选择了桥接模式 NAT模式:宿主机ping不通虚拟机&#…

VM虚拟机桥接模式设置固定IP

目录 一、VM虚拟机续订 二、Linux配置静态IP 一、VM虚拟机续订 选中虚拟机——>设置——>网络适配器 官方说明: 如果在笔记本电脑或其他移动设备上使用虚拟机,请选择复制物理网络连接状态。 当您在有线或无线网络之间进行移动时,该…

虚拟机桥接模式连不上网问题(非桥接网卡原因)

虚拟机和宿主机可以互相ping通,但是ping www.baidu.com不能成功 常见的原因是桥接到的网卡不对,网上搜也是大部分搜到这种原因解决办法。 参见解决VMware虚拟机桥接模式上不了网 我遇到的问题不是这个,是因为我没有配置网关。。。。。 真…

设置虚拟机桥接模式以及解决桥接模式上不了网以及ping不通主机的问题

一.VMware设置桥接模式 1.VMware -> 编辑->虚拟网络编辑器->更改设置 选择VMnet0(桥接模式),选择与主机同名网卡 ,主机可在在网络中心查看网卡名称

虚拟机桥接模式上网

记录一下嵌入式学习迈出的第一步:上网 首先选择虚拟机设置->硬件->网络适配器,选择桥接模式,下面的复制物理网络连接设置也要勾选,点确定。 在自己主机调出命令界面,输入 ipconfig /all 查看主机的上网配置&…

解决VMware虚拟机桥接模式无法上网

步骤1:查看本地以太网属性是否安装VMware Bridge Protocol 控制面板>>网络和Internet>>网络连接>>以太网右键属性>>查看是否有安装VMware Bridge Protocol 步骤2:查看VMware虚拟网络编辑器的VMnet0桥接模式设置 编辑>>虚…

VMware虚拟机桥接模式配置,设置虚拟机连接公网

1、配置时,虚拟机先关闭,双击 “网络适配器” 2、设置为 “桥接模式”,然后点击下方 “确定” 3、展开 “编辑” 菜单 点击 “虚拟网络编辑器” 进入虚拟网络编辑页面 4、点击 “更改设置” 点击更改设置,进入设置界面 5、选中 …

VMware虚拟机三种网络模式:桥接模式,NAT模式,仅主机模式

目录 一、桥接模式 二、NAT模式 三、仅主机模式 虚拟系统:CentOS 6.8 在VMware虚拟网网络编辑器中我们可以看到有三个虚拟交换机分别对应不同的网络模式: VMnet0:用于桥接模式下的虚拟交换机 VMnet1:用于仅主机模式下的虚拟交…

VMware虚拟机三种网络模式----桥接模式

vmware为我们提供了三种网络工作模式,它们分别是: Bridged(桥接模式)NAT(网络地址转换模式)Host-Only(仅主机模式) 打开vmware虚拟机,我们可以在选项栏的“编辑”下的“…

虚拟机桥接模式配置网络

虚拟机桥接模式配置网络 这个是详版,对于想了解一些相关知识的读者有些许帮助。如果想快速配置完网络,请转至简版(•‾̑⌣‾̑•)✧˖ 桥接模式就是将主机网卡与虚拟机的网卡利用虚拟网桥进行通信。在桥接的作用下,类似于把物理主机虚拟为…

虚拟机桥接模式无法联网

问题:虚拟机桥接模式无法联网 解决:1、打开虚拟网络编辑器 2、点击右下角更改设置 3、下拉选择网卡(控制面板\网络和 Internet\网络连接),并点击确定 4、打开虚拟机设置,网络连接选择自定义&#xff0c…

VMware虚拟机三种网络模式详解--Bridged(桥接模式)

VMware虚拟机三种网络模式详解--Bridged(桥接模式) 简介: 由于Linux目前很热门,越来越多的人在学习Linux,但是买一台服务器放家里来学习,实在是很浪费。 那么如何解决这个问题?虚拟机软件是很好…