我在用minfi包下面这个函数读取甲基化数据的时候，

RGset1 <- read.metharray.exp(targets=targets1,force = T)

 出现了下面这个报错

查看了自己的idat文件地址，没有错

 

又查看了target1（read.metharray.exp函数的参数之一），也没错

 

然后就各种查找信息，但查到使用minfi包出现的这个问题实在不多。

我用了一天尝试，问了一些人，自己查资料，看了minfi包的用户手册等，都没用。

于是我想尝试下载ChAMP包去下载数据，但ChAMP太难下载了！依赖包太多。

现在就卡在这儿了，实在是不行！各位知道如何解决可以给我留言，感谢！

> library("ChAMP")
Loading required package: DMRcate
Error: package or namespace load failed for 'DMRcate':(converted from warning) replacing previous import 'matrixStats::rowMedians' by 'Biobase::rowMedians' when loading 'DSS'
Error: package 'DMRcate' could not be loaded> library("DMRcate")
Error: package or namespace load failed for 'DMRcate':(converted from warning) replacing previous import 'matrixStats::rowMedians' by 'Biobase::rowMedians' when loading 'DSS'> library(DSS)
Error: package or namespace load failed for 'DSS':(converted from warning) replacing previous import 'matrixStats::rowMedians' by 'Biobase::rowMedians' when loading 'DSS'

但是我没放弃minfi包，我就继续查，其中我在Bioconductor上提问问题，然后就有个大佬留言了解决办法！

就是在读取之前加个options(warn = 0)

就是下面这样

options(warn = 0)
RGset1 <- read.metharray.exp(targets=targets1,force = T)

然后就OK了

 

【具体原因是】

 

然后接下来我是用的minfi包的单样本Noob标准化。

noob1 <- preprocessNoob(RGset1, offset = 15, dyeCorr = TRUE, verbose = FALSE,dyeMethod=c("single", "reference"))
noob.Beta1 <- getBeta(noob1, type = "Illumina", offset = 100)

然后就顺利了！

写在最后：

1.不懂一定要多问、多查资料，身边的师兄师姐们利用起来。除了CSDN、知乎、简书，也看看Bioconductor或者Stack Overflow好吗！亲测有用。另外可以爬梯子去谷歌。

2.遇到使用R包问出题的时候，或者不知道怎么用的时候，去看这个包的帮助文档，英文没问题，翻译就好啦，有时候看一些人写的会有问题。

（下面看情况把从GEO、TCGA下载的甲基化数据流程写一下。）