BioGRID:蛋白质相互作用数据库

article/2025/3/17 19:10:46

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BioGRID数据库是一个老牌经典的蛋白质相互作用数据库,在今年9月份刚刚分布了最新版本3.5.165,该版本从66,164篇文献中整理出了1,607,037个蛋白质相互作用,28,093个嵌合体信息以及726,378个转录后修饰PTM信息,涵盖了多个物种,官网地址如下

https://thebiogrid.org/

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通过官网的检索功能,可以根据基因或者蛋白标识符进行检索,示意如下
在这里插入图片描述
在检索页面主要分成以下3大部分

1. 基本描述信息

示意结果如下,包含了蛋白质的名称,别名,转录后修饰,即UBI对应的行,GO注释信息,和其他数据库的链接。
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2. 统计信息

示意如下,统计每种相互作用类型的数目和比例
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3. 详细结果页面

示意如下,可以查看Interactors等详细信息
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通过Network菜单,可以显示该蛋白质的相互作用网络,示意如下
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BioGRID数据库中的数据是免费开放下载的,下载链接如下

https://downloads.thebiogrid.org/BioGRID

和其他数据库类似,同时提供了TABXML格式供下载。
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